אנדומטריוזיס עמוקה המערבת את מערכת העיכול והמעי היא אחת הצורות הנפוצות ביותר של אנדומטריוזיס עמוקה. במרבית המקרים של אנדומטריוזיס עמוקה במעי, הפגיעה תהיה בחלקי המעי באגן, הרקטום והמעי הגס הסיגמואיד. שני חלקים אלו הם החלקים הנמוכים ביותר של מערכת העיכול, מה שגורם לכאבים באזורי האגן והבטן התחתונה אצל מטופלות רבות. בנוסף, סוג אנדומטריוזיס זה, פעמים רבות, ממוקם באיזור המחיצה בין הנרתיק לרקטום (המחיצה הרקטו-וגינלית), מצב שיכול להוביל לכאבים עזים בזמן קיום יחסי מין וכאבים עזים ביציאות בזמן הווסת.

סוג אנדומטריוזיס זה יכול להוביל למגוון של תסמינים. מעבר לכאבים השונים שציינו קודם, הסובלות מאנדומטריוזיס עמוקה במעי עלולות לסבול גם מבחילות, כאבים ודימומים רקטלים, שינויים בתבנית יציאות כמו עצירות ושלשולים, התכווצויות, דם בצואה, הקאות ועוד. עם זאת, כדאי לדעת שיש נשים שאינן סובלות מתופעות אלו כלל וכלל. חשוב לציין כי תופעות אלו לא ספציפיות ואינן יחודיות לאנדומטריוזיס וקיימות גם בנשים ללא אנדומטריוזיס.

האבחון של אנדומטריוזיס עמוקה במעי הינו בראש ובראשונה ע״י תחקור מסודר ומדוייק של המטופלת ובדיקה גופנית גניקולוגית מלאה ומכוונת. במקרים רבים בדיקות אלו יתרמו אינפורמציה רבה ומכריעה.

אבחון נוסף ומשלים יכול להתבצע בכמה דרכים. מקרי אנדומטריוזיס של הרקטום או המעי הגס הסיגמואידי יכולים להתגלות ע״י ביצוע אולטרסאונד אגן. בדיקת האולטרסאונד נחשבת בדיקת הבחירה, אולם היא אינה יכולה לגלות לנו את כל סוגי האנדומטריוזיס העמוקה במעי. במידה וישנם נגעים בחלקים גבוהים יותר של מערכת העיכול, קיים סיכוי גבוה שהאולטרסאונד לא יוכל לזהותם. ניתן לבצע גם בדיקות MRI או חוקן בריום על מנת לנסות ולאתר נגעי אנדומטריוזיס עמוקה באיזורי מעי גבוהים יותר. שימוש בקולונוסקופיה הינו פחות נפוץ. הסיבה לכך היא שגם במקרים של אנדומטריוזיס עמוקה במעי, מעטים המקרים בהם הנגעים האנדומטריוטים מזוהים בקולונוסקופיה.

דרכי הטיפול באנדומטריוזיס עמוקה במעי משתנים בין מטופלת למטופלת, אך במקרים רבים נדרשת התערבות כירורגית על מנת להשיג את התוצאות הטובות ביותר. כריתת מוקדי אנדומטריוזיס אשר מערבים את המעי, יכולה להתבצע למעשה בשלוש טכניקות שונות:

1. הראשונה והשכיחה ביותר הינה הפרדה של גוש האנדומטריוזיס מהמעי ללא פתיחה ופגיעה בשלמות דופן המעי (גילוח – SHAVING).
2. כריתת של גוש האנדומטריוזיס כולל קטע מדופן המעי (כריתת דיסק). שיטה זו נבחרת במקרים בודדים בלבד. לאחר הכריתה, מתבצעת סגירת הפתח שנוצר במעי באמצעות תפירת הדופן שלו.
3. כריתת גוש האנדומטריוזיס עם כריתת מקטע של המעי. שיטה זו מתאימה לנשים עם מוקדים גדולים במיוחד אשר מערבים היקף נירחב של המעי, כאשר הפרדה או כריתת דיסק לא אפשרית. במקרים אלו מבצעים כריתת מעי קטנה מאד.

ניתוחי אנדומטריוזיס עם מעורבות מעי הינם מורכבים מאד. יש צורך בהערכות של צוות רב תחומי כולל, לעיתים, כירורג כללי, לפי הצורך. חשוב לזכור כי ישנם סיבוכים פוטנציאלים באחוזים נמוכים מהמקרים בהם ההחלמה של המעי מהניתוח איננה תקינה ויש צורך בניתוחים נוספים על מנת להתגבר על סיבוכים אלו.