ציסטות אנדומטריומה, או בכינוין "ציסטות שוקולד", הן סוג מסוים של ציסטות הנמצאות אצל נשים הסובלות מאנדומטריוזיס. ציסטות אלו קיבלו את הכינוי שלהן הודות למראה שלהן והעובדה כי הן מלאות בנוזל כהה (בעיקר דם ישן).

ציסטות אלו מתפתחות על השחלה בעקבות קיומם של מוקדי אנדומטריוזיס. בשונה מסוגי ציסטות אחרות, ציסטה אנדומטריומה לא נוהגת להיעלם מעצמה, מה שדורש מאיתנו לטפל בה. עם זאת, הטיפול בה לא תמיד פשוט. היא מגיבה בדרך כלל לטיפולים הרומונלים, אולם לרוב לא קטנה, ויש סיכונים רבים הטמונים בשאיבת הנוזל מתוך הציסטה, כמו התרבות של חיידקים והפיכתה למורסה מוגלתית. 

ציסטות אנדומטריומיות יכולות לגרום לסימפטומים לא נעימים אצל חלק מהנשים. ההשפעות של ציסטה אנדומטריוימה יכולות להתבטא דרך כאבים באזור האגן והבטן התחתונה, כאבי מחזור חזקים במיוחד וקשיים בכניסה להריון. קיימים לא מעט מקרים בהם נשים מגלות כי הן סובלות מאנדומטריוזיס ומציסטה אנדומטריומה כשהן מגיעות לבדיקות בעקבות קשיי פריון.

במקרים רבים, ההמלצה הרפואית תהיה לטפל בציסטה, בעיקר אם החולה מעידה כי היא סובלת לפחות מאחד מן התסמינים. עם זאת, לא תמיד מסירים את הציסטה, אלא לצרוב אותה ע״י לייזר או פלזמה או באופן כימי ע״י אתנול, וזאת על מנת למנוע פגיעה בשחלה עצמה. ההחלטה אודות התהליך הטיפולי תהיה מושפעת ממיקומה של הציסטה וגודלה.

במקרים בהם גודל הציסטה נחשב קטן יחסית (פחות מ-4 ס"מ), כריתת הציסטה לא תמיד תהיה הבחירה הראשונה. פעמים רבות, דרך הטיפול בציסטות קטנות תהיה מתן טיפול תרופתי ומעקב אחרי גודלה וצורתה של הציסטה. במידה ומתגלים שינויים במאפיינים שלה או שהתסמינים מחמירים, יהיה מקום לשקול אופציה ניתוחית.

במידה והציסטה נחשבת ציסטה גדולה, כלומר מעל 4 סנטימטרים, יש לשקול את הטיפול הניתוחי או התרופתי. כאשר יש צורך בטיפול ניתוחי, יש להשתמש בשיטה הניתוחית-לפרוסקופית, שיטה זעירה-פולשנית בעזרתה ניתן להסיר את הציסטה ללא חיתוך של הבטן.

על אף שהטיפול בציסטה אנדומטריוימה הוא אפשרי, הוא לא תמיד מבטיח את היעלמותם של התסמינים. הדבר נכון בעיקר לנושא הפוריות. כריתה של הציסטה לא מבטיח במאת האחוזים את החזרת יכולת הפריון אל האישה, וחשוב להבין זאת לפני הכניסה לחדר הניתוח. יתרה מזאת, במידה והמטופלת נמצאת במהלך טיפולי פוריות או מנסה להיכנס להריון ייתכן ולא תבחר האופציה הניתוחית עד לסיום הטיפולים.