אנדומטריוזיס שחלתית, המוכרת גם כאנדומטריומה (Endometrioma), היא מצב ייחודי של המחלה. אנו מתייחסים לאנדומטריוזיס שחלתית כ"ציסטות שוקולד", על שם מראה הנוזל החום הממלא את הציסטות. בהדמיית אולטראסאונד הציסטות נראות במראה עכור כהה. בסוג אנדומטריוזיס זה, המטופלת סובלת מציסטות שחלתיות שיכולות להופיע בצורה שטחית או עמוקה. תאי המעטפת של אותן ציסטות הן למעשה תאי אנדומטריוזיס. ציסטות אלו עלולות לגרום לכאבים שונים ולסימפטומים נוספים כמו אי פוריות.

במרבית המקרים, אבחון של אנדומטריוזיס שחלתית מאותת לנו על מצב מחלה מורכב יותר מפי שנראה לעין. במקרים רבים, מצב של אנדומטריוזיס שחלתית יכול ללמד אותנו על מחלת אנדומטריוזיס עמוקה באגן, כך שחשוב לבדוק את הנושא בהקדם.

חולות עם אנדומטריוזיס שחלתית עלולות לחוות קושי להרות ויחוו בעיות פוריות. הציסטות, שיושבות על השחלות, יכולות להוביל לפגיעה בתהליך ייצור הביציות בגוף, ובכך להקשות על יכולות הפוריות. פעמים רבות, הסובלות מאנדומטריוזיס שחלתית יחושו גם כאבי אגן בצד בו הציסטות נמצאות, אך הדבר לא נכון לכל הנשים. כדאי לדעת שישנם מקרים נדירים בהם הציסטה יכולה להתגלות כציסטה ממאירה (סרטנית).

עם כל הקושי שהמצב מביא איתו, יש לו דרכי טיפול. לרוב, נקבע את דרך הטיפול בציסטה על פי כמות הציסטות, גודלן, המבנה שלהן ומצבה הבריאותי הכולל של המטופלת. הטיפולים כוללים טיפולים תרופתיים או טיפולים התערבותיים. דרך הטיפול נקבעת לפי גודל הציסטה, סימפטומים וכאבים מהם המטופלת סובלת, וכן מצב הפריון של המטופלת.

במקרים בהם הציסטה קטנה יחסית, ניתן לעקוב או לטפל בצורה תרופתית. במקרים בהם יש צורך בטיפולי ניתוחי, ייתכן וניתן לצרוב את ריקמת האנדומטריוזיס בציסטה בטכניקה אשר מאפשרת סיכוי גבוה יותר לשמור על רקמת השחלה ועל פוטנציאל הפריון של השחלה.

במקרים בהם הציסטות גדולות לרוב יהיה צורך לטפל בגישה ניתוחית. במהלך הניתוח ניתן לכרות את הציסטה, להפריד בין דופן הציסטה ובין השחלה, תוך ניסיון אופטימלי לשמור על רקמת השחלה הבריאה.

ישנה דרך טיפול נוספת, המיועדת לנשים שלא מעוניינות להרות וסובלות מציסטות קטנות, טיפול תרופתי שידכא את פעילות הציסטות.

ישנן נשים הסובלות מאנדומטריוזיס שחלתית ורוצות להרות. לאותן נשים, מומלץ לשקול שימור פוריות וביציות טרם ההליך הניתוחי, במידת האפשר. על מנת להתמודד עם אפשרות של פגיעה ברקמת השחלה וברזרבה השחלתית, כדאי לשקול לבצע תהליך שימור פוריות.